Församlingen grundades 1873 och gick då under namnet Monå baptistförsamling. Kapellet byggdes i Monå och den huvudsakliga verksamheten förekom där. Mindre kapell uppfördes senare i Monäs och Kantlax. År 1986 invigdes församlingens nya kyrka i Hirvlax. Samtidigt ändrades namnet till Munsala baptistförsamling. År 1998 gick Pensala baptistförsamling samman med Munsala baptistförsamling.

I dagsläget är cirka fyrtio vuxna aktiva i den regelbundna verksamheten. Till församlingen hör ca 100 medlemmar.